Начнем с того, что в отличии от мира Windows, где программа устанавливается/собирается путем запуска setup.exe или nmake.exe, в UNIX процесс сборки начинается... с чтения документации! Читать документацию обязательно! Даже если сборка с настройками по умолчанию пройдет без сучка и задоринки, полученная конфигурация навряд ли будет оптимальной.
Обычно к исходным текстам прилагается файл install, readme или что-то типа того. Если же ничего подобного в архиве нет (как в случае в BOCHS) ищите инструкцию по сборке на официальном головном сайте. В клинических случаях инструкция находится внутри файлов configure и makefile.
Файл configure представляет собой достаточно сложный скрипт, анализирующий текущую конфигурацию, распознающий текущую платформу, определяющий наличие всех необходимых библиотек и управляющий опциями сборки (какие фичи включать, а какие не надо). Результатом его работы становится сгенерированный makefile, который и собирает (компилирует, линкует) программу воедино.